তখন তাঁর বয়স 24, আর Game of Thrones-এর প্রথম সিজনের কাজ সবে শেষ করেছিলেন তিনি।
2011 সালের ফেব্রুয়ারিতে একটি জিমে ব্যায়াম করার সময় এমিলিয়া ক্লার্কের মাথার ভেতরে অ্যানিউরিজম ফেটে যায়। চিকিৎসকেরা তাঁর সাবঅ্যারাকনয়েড হেমোরেজ হয়েছে বলে জানান—এটি এক ধরনের স্ট্রোক, যা তাঁর নিজের বক্তব্য অনুযায়ী, প্রায় এক-তৃতীয়াংশ রোগীকে সঙ্গে সঙ্গে বা এর পরপরই মৃত্যুর মুখে ঠেলে দেয়। তাঁর তিন ঘণ্টা ধরে অস্ত্রোপচার হয়। জ্ঞান ফেরার পর একজন নার্স তাঁকে নিজের নাম বলতে বলেন, কিন্তু তিনি বলতে পারেননি। তিনি আতঙ্কিত হয়ে পড়েন। স্মৃতি ঠিক আছে কি না যাচাই করতে তিনি শোয়ের সংলাপগুলো আঁকড়ে ধরেন।
অ্যাফেসিয়া সেরে না যাওয়া পর্যন্ত তিনি আরও এক সপ্তাহ নিবিড় পরিচর্যা কেন্দ্রে ছিলেন, এবং এক মাস পর হাসপাতাল থেকে ছাড়া পান। কিন্তু দুঃস্বপ্ন তখনও শেষ হয়নি: তাঁকে জানানো হয়, তাঁর মস্তিষ্কের অন্য পাশে আরও একটি, ছোট অ্যানিউরিজম রয়েছে, যা যেকোনো মুহূর্তে ফেটে যেতে পারে। কয়েক বছর পর, ব্রডওয়েতে অভিনয়ের সময় একটি স্ক্যানে দেখা যায়, সেটি আকারে দ্বিগুণ হয়ে গেছে। দ্বিতীয় অস্ত্রোপচার ব্যর্থ হয়, এবং প্রচুর রক্তক্ষরণ হয়।
বিশ্ব যখন তাঁকে ডেনেরিস হিসেবে দেখছিল, তখন তিনি এমন এক লড়াই লড়ছিলেন, যার কথা প্রায় কেউই জানত না। 2019 সালে The New Yorker-এ তিনি সেই কাহিনি বলেছিলেন।