המוח מגיע מהמפעל עם תוכנית מתאר של האופן שבו הגוף שלך אמור להיראות. ולפעמים תוכנית המתאר הזאת אינה תואמת את האנטומיה שאיתה נולדת.
בשנת 2008, חוקר המוח V.S. Ramachandran מאוניברסיטת קליפורניה בסן דייגו חקר 29 גברים טרנסים. 60% מהם, 18 אנשים, דיווחו שחשו פין פנטומי שמעולם לא היה להם מבחינה ביולוגית. הם חשו את גודלו, את צורתו, ואפילו זקפות ואורגזמות שמוקמו באיבר שאינו קיים.
הדבר שונה מאיבר הפנטום שחשים אנשים שאיבדו איבר בעקבות קטיעה. במקרה כזה, המוח מתגעגע למשהו שאכן היה קיים. אצל גברים טרנסים, לעומת זאת, המוח טוען לקיומו של משהו שלפי המפה הנוירולוגית שלו היה אמור להיות שם תמיד. עבור רבים, זוהי אישור שקט לזהותם. עבור אחרים, הניגוד בין התחושה הזאת לבין גופם בפועל הופך למקור נוסף של דיספוריה.
