בגיל תשע, ליונל מסי הפסיק לגבוה. ברוסאריו, ארגנטינה, לקח לרופא יותר משנה למצוא את הסיבה: מחסור בהורמון גדילה, הפרעה שפוגעת במעט מאוד ילדים בעולם ושבלעדי טיפול הייתה מותירה אותו בגובה של מעט יותר ממטר וארבעים.
הטיפול כלל זריקות יומיות ברגליו, שאותן החל בגיל 11 והמשיך לקבל במשך כמעט שלוש שנים, בלי להחמיץ אף טורניר כדורגל. עלותו הייתה כ-$1,500 בחודש, סכום בלתי אפשרי עבור משפחתו: אביו עבד במפעל פלדה, ואמו ניקתה בתים לפי שעה. המועדון סייע לו לזמן מה, אך לא רצה להתחייב לטווח ארוך לילד כה קטן.
בגיל 13, בעזרת קשרים משפחתיים בקטלוניה, הוריו השיגו לו מבחן בלה מאסיה, האקדמיה של FC Barcelona. מסי הבקיע חמישה שערים באותו אימון, והמועדון הסכים לשלם עבור הטיפול שלו ממש שם, בעסקה שנכתבה על מפית. שנה לאחר מכן, כשהוא כבר בגובה 1.70 מטרים, הוא הפסיק את הזריקות לצמיתות.
