वह 24 साल की थीं और Game of Thrones का पहला सीज़न अभी-अभी पूरा किया था।
फरवरी 2011 में एमिलिया क्लार्क जिम में कसरत कर रही थीं, तभी उनके सिर के भीतर एक एन्यूरिज़्म फट गया। डॉक्टरों ने उन्हें सबअरेक्नॉइड रक्तस्राव होने का निदान दिया—यह एक प्रकार का स्ट्रोक है, जो उनके अपने बयान के अनुसार, लगभग एक-तिहाई मरीज़ों की तुरंत या उसके कुछ ही समय बाद जान ले लेता है। उनकी तीन घंटे तक सर्जरी हुई। जब उन्हें होश आया, तो एक नर्स ने उनसे अपना नाम बताने को कहा, लेकिन वह नहीं बता पाईं। वह घबरा गईं। यह जाँचने के लिए कि उनकी याददाश्त अब भी सलामत है, वह शो के संवादों को दोहराती रहीं।
वह एक और हफ़्ते तक गहन चिकित्सा कक्ष में रहीं, जब तक कि उनकी वाचाघात की समस्या दूर नहीं हो गई, और एक महीने बाद उन्हें अस्पताल से छुट्टी मिली। लेकिन दुःस्वप्न अभी ख़त्म नहीं हुआ था: उन्हें बताया गया कि उनके मस्तिष्क के दूसरी ओर एक और, छोटा एन्यूरिज़्म है, और वह किसी भी पल फट सकता है। कई साल बाद, Broadway पर प्रस्तुति देते समय, एक स्कैन से पता चला कि उसका आकार दोगुना हो गया था। दूसरी सर्जरी नाकाम रही और बहुत ज़्यादा रक्तस्राव हुआ।
दुनिया उन्हें डेनेरीज़ के रूप में देख रही थी, जबकि वह एक ऐसी लड़ाई लड़ रही थीं जिसके बारे में लगभग किसी को पता नहीं था। उन्होंने 2019 में The New Yorker में अपनी कहानी बताई।