Usianya 24 tahun dan ia baru saja menyelesaikan musim pertama Game of Thrones.
Emilia Clarke sedang berolahraga di pusat kebugaran pada Februari 2011 ketika sebuah aneurisma pecah di dalam kepalanya. Dokter mendiagnosisnya mengalami perdarahan subaraknoid, sejenis stroke yang, menurut penuturannya sendiri, menewaskan sekitar sepertiga pasien seketika atau tak lama kemudian. Ia menjalani operasi selama tiga jam. Saat terbangun, seorang perawat memintanya menyebutkan namanya, tetapi ia tidak bisa. Ia panik. Ia berpegang pada dialog-dialog dari serial itu untuk memastikan ingatannya masih berfungsi.
Ia menghabiskan satu minggu lagi di ruang perawatan intensif hingga afasianya hilang, lalu meninggalkan rumah sakit sebulan kemudian. Namun, mimpi buruk itu belum berakhir: ia diberi tahu bahwa ada aneurisma lain yang lebih kecil di sisi lain otaknya, dan aneurisma itu bisa pecah kapan saja. Bertahun-tahun kemudian, saat tampil di Broadway, hasil pemindaian menunjukkan bahwa ukurannya telah berlipat ganda. Operasi kedua gagal, dan terjadi perdarahan hebat.
Sementara dunia mengenalnya sebagai Daenerys, ia sedang berjuang melawan sesuatu yang hampir tak diketahui siapa pun. Ia menceritakan kisahnya di The New Yorker pada 2019.