왓킨스는 자신이 형기를 복역 중이던 영국 교도소 HMP 웨이크필드에서 사망했다. 향년 48세였다. 심각한 폭행 사건이 발생했다는 신고를 받고 경찰은 10월 11일 토요일 교도소에 도착했으며, Lostprophets의 보컬은 현장에서 사망 선고를 받았다. 25세와 43세 남성 2명이 그의 살인 혐의로 체포됐다.
2013년 12월, 왓킨스는 아동 성폭력 범죄로 징역 29년과 보호관찰 6년을 선고받았다. 범죄에는 아기를 강간하려 한 미수도 포함됐다. 선고 후 NSPCC 웨일스 서비스 전국 책임자 데스 매니언은 음악가 왓킨스가 「자신의 지위와 세계적인 명성을 이용해 사람들을 조종하고 아동을 성적으로 학대하는 수단으로 삼았다」고 말했다.
이언 왓킨스를 살해한 혐의를 받는 수감자 중 한 명인 리코 게델은 아동 성범죄로 유죄 판결을 받은 수감자들과 같은 구역을 쓰는 것이 싫었으며, 그 때문에 이전에도 다른 수감자들을 폭행하겠다고 위협한 적이 있다고 말했다. 그를 찌르기 전에 그는 이렇게 말했다고 한다. 「소아성애자들은 이런 일을 당해 마땅하다」.
