Chayanne jest żonaty z Marilisą Maronesse od ponad trzech dekad i nigdy nie należał do osób, które ujawniają szczegóły swojego życia prywatnego. Kiedy jednak mówi o swoim małżeństwie, jest bezpośredni.
Poznali się w 1988 roku podczas konkursu Miss Venezuela, potajemnie pobrali się w 1992 roku, a dziś mają dwoje dzieci: Lorenzo Valentino i Isadorę Sofíę. Z taką historią za sobą portorykański piosenkarz ujawnił serwisowi People en Español formułę, która podtrzymuje ich relację: „Zawsze mówię, że wszystko jest okresem zalotów, dopóki nie ma się dziecka. Potem dziecko też ma własne życie i trzeba starać się podtrzymywać tę relację”.
Dla Chayanne’a pułapka polega na tym, by nie pozwolić, aby rodzicielstwo zajęło całą przestrzeń w związku. „Nie wolno stawiać dzieci między sobą, bo wtedy dystans między tobą a partnerem się zwiększa” — wyjaśnił. Komunikacja, szacunek i codzienna decyzja, by wciąż wybierać siebie nawzajem — według niego to prawdziwy sekret, który stoi za tak wieloma wspólnymi latami.