24 na siya at katatapos lamang niya sa unang season ng Game of Thrones.
Nag-eehersisyo si Emilia Clarke sa isang gym noong Pebrero 2011 nang pumutok ang aneurysm sa loob ng kanyang ulo. Nasuri siyang may subarachnoid hemorrhage, isang uri ng stroke na, ayon sa sarili niyang salaysay, ikinamatay kaagad o di naglaon ng humigit-kumulang sangkatlo ng mga pasyente. Sumailalim siya sa tatlong oras na operasyon. Nang magising siya, pinasabi sa kanya ng isang nars ang pangalan niya, pero hindi niya ito masabi. Nataranta siya. Kumapit siya sa mga linya mula sa palabas para matiyak na naroon pa rin ang kanyang alaala.
Nanatili pa siya ng isang linggo sa intensive care hanggang sa mawala ang aphasia, at nakalabas siya ng ospital makalipas ang isang buwan. Pero hindi pa tapos ang bangungot: sinabihan siyang may isa pa siyang mas maliit na aneurysm sa kabilang panig ng utak, at maaari itong pumutok anumang oras. Makalipas ang ilang taon, habang nagtatanghal siya sa Broadway, ipinakita ng isang scan na dumoble ang laki nito. Nabigo ang ikalawang operasyon, at nagkaroon ng matinding pagdurugo.
Habang nakikita siya ng mundo bilang si Daenerys, nakikipaglaban siya sa isang laban na halos walang nakaaalam. Ikinuwento niya ito sa The New Yorker noong 2019.