Мозок отримує від народження схему того, як має виглядати ваше тіло. Іноді ця схема не відповідає анатомії, з якою ви народилися.
У 2008 році нейробіолог V.S. Ramachandran з Каліфорнійського університету в Сан-Дієго дослідив 29 трансчоловіків. 60% із них, тобто 18 людей, повідомили, що відчували фантомний пеніс, якого в них ніколи не було з біологічного погляду. Вони відчували його розмір, форму і навіть ерекції та оргазми, локалізовані в неіснуючому органі.
Це відрізняється від фантомної кінцівки, яку відчувають люди, що втратили кінцівку внаслідок ампутації. У такому випадку мозку бракує чогось, що справді існувало. У трансчоловіків, навпаки, мозок заявляє про наявність чогось, що, відповідно до його власної неврологічної карти, завжди мало бути там. Для багатьох це мовчазне підтвердження їхньої ідентичності. Для інших розбіжність між цим відчуттям і їхнім реальним тілом стає ще одним джерелом дисфорії.
