Cô mới 24 tuổi và vừa hoàn thành mùa đầu tiên của Trò chơi vương quyền.
Emilia Clarke đang tập thể dục tại phòng gym vào tháng 2 năm 2011 thì một chỗ phình động mạch vỡ bên trong đầu cô. Các bác sĩ chẩn đoán cô bị xuất huyết dưới nhện, một dạng đột quỵ mà theo lời kể của chính cô, khiến khoảng một phần ba số bệnh nhân tử vong ngay lập tức hoặc không lâu sau đó. Cô trải qua ca phẫu thuật kéo dài ba giờ. Khi tỉnh lại, một y tá bảo cô nói tên mình, nhưng cô không thể. Cô hoảng loạn. Cô bám lấy những câu thoại trong phim để kiểm tra xem trí nhớ của mình vẫn còn nguyên vẹn hay không.
Cô ở thêm một tuần trong phòng chăm sóc tích cực cho đến khi chứng mất ngôn ngữ biến mất, rồi xuất viện một tháng sau đó. Nhưng cơn ác mộng vẫn chưa kết thúc: cô được báo rằng mình còn có một chỗ phình động mạch khác, nhỏ hơn, ở phía bên kia não, và nó có thể vỡ bất cứ lúc nào. Nhiều năm sau, khi biểu diễn trên sân khấu Broadway, kết quả chụp chiếu cho thấy chỗ phình đã tăng gấp đôi kích thước. Ca phẫu thuật thứ hai thất bại, và cô bị xuất huyết nghiêm trọng.
Trong khi cả thế giới nhìn nhận cô là Daenerys, cô đang chiến đấu trong một cuộc chiến mà hầu như chẳng ai biết đến. Cô kể lại câu chuyện này trên tạp chí The New Yorker vào năm 2019.